Những mô tả đầu tiên của kim tự tháp Baka được thực hiện vào khoảng năm 1842 - 1846 bởi nhà Ai Cập học người Đức Karl Richard Lepsius, người đã đánh thứ tự XIII cho nó[3]. Hầm mộ của kim tự tháp được nghiên cứu vào năm 1904 - 1905 bởi nhà khảo cổ người Ý Alessandro Barsanti. Gaston Maspero trong một lần đến thăm Barsanti đã phải ấn tượng về kích thước của nó[4].

Barsanti tiếp tục công việc của mình vào năm 1911 - 1912, nhưng lúc này Thế chiến thứ nhất nổ ra, và mọi cuộc khai quật đều gác lại. Không may, ông đã qua đời vào năm 1917, sau đó cũng không có thêm một cuộc nghiên cứu nào. Mãi đến tận năm 1954, nhận thấy sự lý tưởng từ vùng Zawyet El Aryan, bộ phim Land of the Pharaohs ("Vùng đất của các pharaon") đã chọn bối cảnh quay tại kim tự tháp của Baka. Vì vậy, họ đã cho dọn dẹp cát đá đã phủ kín khu vực mà Barsanti từng nghiên cứu[1][5].

Kể từ năm 1964 trở đi, kim tự tháp Baka nằm trong vùng quân sự, do đó không một cuộc khai quật nào được phép thực hiện nơi đây. Nhiều ngôi mộ và nhà tạm được xây dựng xung quanh nó, cộng thêm hầm mộ đã trở thành hố rác của cư dân địa phương. Vì vậy, rất có thể kim tự tháp Baka đã rơi vào tình trạng tồi tệ nhất[1][5][6].